6月18日至20日,由中国科学院昆明动物研究所主办的家犬基因组学术峰会在北京召开。同时,由中科院副院长、中科院院士张亚平,美国加州大学教授Robert K. Wayne以及美国国立卫生研究院研究员Elaine A. Ostrander和昆明动物所副研究员王国栋共同发起的家犬基因组研究联盟(Dog10K genomes consortium)在京正式成立。
会议上,来自中国、美国、英国、法国、瑞典、德国、芬兰、新加坡的19位科学家从“家犬起源与驯化”、“家犬基因组数据分析”、“家犬基因组结构与疾病”三方面,对各自最新研究成果进行了报告。在张亚平提议和倡议下,来自世界各地的20多位科学家成立了家犬基因组研究联盟,旨在联合家犬研究领域的优秀科学家进行国际合作和团队攻关,对全球不同品系的一万只家犬及野生犬科动物基因组进行大规模测序分析,全面深度探讨家犬起源与驯化、人工选择、疾病机制、医学模型等重大科学问题。联盟讨论并制定了五年研究计划,就该计划前期要解决的科学问题进行了深入探讨,同时协商了样品采集、测序数据管理和汇交、知识产权保护、成果共享、合作协议等具体问题。
“家犬进化”在2015年被《科学》杂志列为2016年科学界三个可能出现重大突破的领域之一。该领域的突破可帮助人们理解复杂性状的遗传基础和进化,为人类的演化历史提供崭新的视角,还有助于建立医学模型研究重大疾病的发生发展机理。
研究联盟指出,家犬是行为和表型最为多样的哺乳动物,并且比其它任何非人类哺乳动物都具有更多已知的遗传性疾病。对精选的犬科动物、家犬品种、土狗进行基因组变异的分析和描述,有助于加深对犬科动物进化历史和遗传结构的理解。迄今为止,还未对世界范围内犬科动物开展有组织的测序工作。Dog10K联盟是一个由世界各地的研究人员组成的国际合作组织,旨在五年内对10000只犬科动物进行20X以上的全基因组测序。这项工作将获取世界范围内的犬科动物表型以及地理差异上的遗传多样性信息。目前已经对大量的品种犬、土狗及其外群进行了全基因组测序,并且对一些犬科动物进行了基因组的从头组装。这些前所未有的数据集将帮助解决犬科动物驯化、品种形成、行为和形态变化等一些遗传学上的问题。更广泛地说,这项工作将增进对人类和犬类健康的理解。

研究联盟指出,家犬是行为和表型最为多样的哺乳动物,并且比其它任何非人类哺乳动物都具有更多已知的遗传性疾病。对精选的犬科动物、家犬品种、土狗进行基因组变异的分析和描述,有助于加深对犬科动物进化历史和遗传结构的理解。迄今为止,还未对世界范围内犬科动物开展有组织的测序工作。Dog10K联盟是一个由世界各地的研究人员组成的国际合作组织,旨在五年内对10000只犬科动物进行20X以上的全基因组测序。这项工作将获取世界范围内的犬科动物表型以及地理差异上的遗传多样性信息。目前已经对大量的品种犬、土狗及其外群进行了全基因组测序,并且对一些犬科动物进行了基因组的从头组装。这些前所未有的数据集将帮助解决犬科动物驯化、品种形成、行为和形态变化等一些遗传学上的问题。更广泛地说,这项工作将增进对人类和犬类健康的理解。
家犬基因组研究联盟亦展望了dog10k基因组计划的分工和合作。在样品采集方面,Dog10K团队的目标是采集覆盖全世界范围内犬科动物样本,包括土狗、野生犬科动物以及一些在正式定义之外未登记的犬种,和一些可用于检测到更多祖先等位基因的外群。这些野生犬科动物和土狗有助于解读狗驯化初期的群体历史,小众品种犬将帮助揭示狗随人类周游世界时所经历的自然选择,而一些常见的品种犬将被用于犬类动物形态、行为、疾病易感性等遗传学研究。在生物信息和数据共享方面,Dog10K团队将基于GATK的一些最优实例建立一个标准的SNV calling流程,对样本进行单核酸多样性、单体型、重组图谱等一些基本的遗传学分析。原始数据通过中国科学院北京基因组研究所的GSA系统和idog数据库共享,同时将在dog10k网站(http://www.dog10kgenomes.org)上更新团队的最新进展,包括收集的样本数量、品种、性别、地理分布等相关元数据信息。Dog10K计划的目标是建立一个与人类基因组计划水平相当的资源平台,整合所有研究团队提供的宝贵数据,并以开放的形式迎接合作。